Javna ustanova „Natura Histrica“ obavlja djelatnost zaštite, održavanja i promicanja zaštićenih područja i drugih prirodnih vrijednosti Istarske županije, uključujući i područja ekološke mreže Natura 2000. U cilju zaštite i očuvanja izvornosti prirode, osiguravanja neometanog odvijanja prirodnih procesa te održivog korištenja prirodnih dobara, Ustanova nadzire provođenje uvjeta i mjera zaštite prirode na područjima kojima upravlja te sudjeluje u prikupljanju podataka radi praćenja stanja očuvanosti prirode.

JU Natura Histrica svakodnevno provodi mjere zaštite kroz aktivnosti praćenja prirode, flore i faune zaštićenih područja Istarske županije, radi očuvanja biološke i krajobrazne raznolikosti te u znanstvene, kulturološke, estetske, obrazovne, gospodarske i druge svrhe. U postupcima zaštite prirode i prevencije daljnjeg onečišćenja i devastacije područja, najčešće se susreće s problemima bespravne gradnje, odlaganja otpada i uništavanja staništa.

Edukacijom, kroz razne ekološke aktivnosti i manifestacije, JU Natura Histrica potiče svijest stanovništva i šire javnosti na dragocjenost prirodnih sustava i vrijednosti te važnost očuvanja biološke i krajobrazne raznolikosti kao preduvjeta zdravog i sigurnog života. Provedba edukativnih programa naglašava važnost rada s mlađim naraštajima, razvijajući ekološku svijest i odgovoran odnos prema prirodi kao prema dragocjenosti koju treba čuvati i njegovati. Osim klasičnog edukativnog pristupa, JU Natura Histrica uređuje  i oprema poučne pješačke, biciklističke i trekking staze spravama za vježbanje, igru i rekreaciju, informativnim tablama, signalizacijom i pratećim sadržajima.

Promocijom prirodnih vrijednosti zaštićenih područja i bogatstva prirodne baštine Istarske županije, JU Natura Histrica uvelike pridonosi razvoju opće kulture, jačanju ekološke svijesti te odgovornog ponašanja zajednice i pojedinaca prema prirodi. Također pruža stručnu pomoć gradovima i općinama u osmišljavanju, uređenju i prezentaciji pojedinih značajnih lokaliteta, informira i organizira stručne i rekreacijske posjete za lokalno stanovništvo i posjetitelje, te redovito prati lokalna, nacionalna i svjetska zbivanja u području zaštite prirode, prenoseći javnosti nova znanja i iskustva.