Sjevero-zapadni dio otoka Mljeta proglašen je nacionalnim parkom 11. studenog 1960. godine čime je stekao titulu najstarijeg morskog zaštićenog područja na Mediteranu. Parkom upravlja Javna ustanova „Nacionalni park Mljet“. Ukupna površina Parka iznosi 5 287 ha uključujući i morski pojas 500 m od obale, otočića i hridi. Razlozi proglašenja Nacionalnog parka Mljet temeljili su se na prirodnom fenomenu mljetskih jezera (Veliko i Malo jezero), bujnosti vegetacije (šume alepskog bora i hrasta crnike) te kulturnim spomenicima. Unutar granica Parka na sjevernim padinama smjestio se i rezervat šumske vegetacije Velika dolina koji se prostire na 15 ha. Lokalitet karakterizira iznimno dobro očuvani ostaci izvorne mediteranske prašume koje su činile zajednice hrasta crnike i crnog jasena.

Ulaskom RH u EU i Nacionalni park Mljet postao je dijelom europske ekološke mreže Natura 2 000, čime je prepoznato 15 staništa i 5 vrsta od izuzetne važnosti na europskoj razini. Izvan granica nacionalnog parka Javne ustanove „Nacionalni park Mljet“ upravlja sa još 13 područja ekološke mreže te Značajnim krajobrazom Saplunara koji je proglašen zaštićenim 1965. godine te zauzima površinu od 54.91 ha.

Nacionalni park Mljet obiluje biljnim i životinjskim svijetom kako na kopnu tako i u moru. Bogat i zanimljiv životinjski svijet Parka još nije u potpunosti istražen. Jedna od osobitosti otoka su tipična krška podzemna staništa: polušpilje, špilje i jame, s endemskom faunom beskralješnjaka od kojih su neki svoje znanstveno ime dobili upravo po Mljetu. Ptičji svijet Nacionalnog parka Mljet raznovrstan je i zanimljiv osobito u doba seobe. Mljetske šume najčešće tvori alepski bor te su među najljepšim i najočuvaniljim šumama tog tipa na Sredozemlju. Na Mljetu se mogu naći i brojne endemske biljke: dubrovačka zečina, jupiterova brada i drvenasta mlječika. Šuma, posebno bujna na području oko Velikog i Malog jezera, spušta se do samog mora s kojim čini savršen sklad. Makiju čini vazdazeleno, teško prohodno nisko raslinje. Osim šume i makije postoje i druga staništa kao što su strme i visoke obalne stijene te bilje obalnih grebena. Izuzetno zanimlljivo podmorje obiluje životnim oblicima i to posebno onim endemičnim među kojim se ističe meduza Aurelia relicta, vrsta koja obitava samo u mljetskim jezerima. Valja istaknuti i vrstu busenastog kamenog koralja (Cladocora caespitosa) koji se prostire na površini od 650 m² u Velikom jezeru. Ovaj inpozantni koraljni greben najveći je ove vrste na svijetu, a ujedno je i endem Sredozemnog mora.

Osnovna djelatnost Javne ustanove „Nacionalni park Mljet“ su zaštita, održavanje, očuvanje, promicanje i korištenje zaštićenog područja. Glavni cilj Javne ustanove „Nacionalni park Mljet“ je omogućiti neometano odvijanje prirodnih procesa na zaštićenom području Nacionalnog parka Mljet. Uz sve navedeno jedna od ključnih djelatnosti je i nadzor provedbe uvjeta i mjera zaštite prirode u skladu s principima održivog korištenja prirode, te sudjelovanje u prikupljanju podataka u svrhu praćenja stanja očuvanosti prirode.