Javna ustanova Nacionalni park Kornati upravlja Nacionalnim parkom Kornati, proglašenim 1980. godine, koji predstavlja najrazvedeniji otočni arhipelag na Mediteranu. Smješten u središnjem Jadranu u Šibensko-kninskoj županiji, park obuhvaća 89 otoka, otočića i hridi, prostirući se na 21.900 hektara, od čega gotovo 75% čini more. Osnovala ga je Vlada Republike Hrvatske, a područje nije trajno naseljeno i u 100% je vlasništvo Republike Hrvatske. Dio kopnenih površina koristi se tradicionalno za stočarstvo i maslinarstvo od strane lokalnih vlasnika pašnjaka.

Upravljanje i očuvanje prirode

Javna ustanova upravlja Nacionalnim parkom Kornati na način da balansira ciljeve očuvanja prirodnih i kulturnih vrijednosti s potrebama turizma i ostalih dionika. Prema klasifikaciji Međunarodne unije za očuvanje prirode (IUCN), park spada u kategoriju II zaštićenih područja, usmjerenu na zaštitu ekosustava uz održivo korištenje. U parku se provode dugotrajna praćenja stanja, poput temperature mora i kvalitete morskog okoliša, koja doprinose razumijevanju promjena na regionalnoj razini. Također, ustanova ostvaruje dugotrajnu suradnju s istraživačkim institucijama kako bi unaprijedila znanstvenu podlogu za zaštitu prirode.

Ustanova upravlja dijelovima ekološke mreže Natura 2000, uključujući:

Područje očuvanja značajno za morske vrste i stanišne tipove (POVS, HR3000162 Kornatski otoci) s ciljanim stanišnim tipovima:

1170: Grebeni 
1120*: Naselja posidonije (Posidonia oceanicae) 
8330: Preplavljene ili dijelom preplavljene morske špilje
1240: Stijene i strmci mediteranskih obala obrasli endemičnim vrstama Limonium spp.

Područje očuvanja značajno za ptice (POP, HR1000017 Kornatski otoci) unutar granica nacionalnog parka za sljedeće vrste:
 
- jarebica kamenjarka (Alectoris graeca)
- primorska trepteljka (Anthus campestris)
- ušara (Bubo bubo)
- leganj (Caprimulgus europaeus)
- zmijar (Circaetus gallicus)
- eja strnjarica (Circus cyaneus)
- mali sokol (Falco columbarius) 
- sivi sokol (Falco peregrinus)
- crnogrli plijenor (Gavia arctica)
- rusi svračak (Lanius collurio)
- sivi svračak (Lanius minor)
- morski vranac (Phalacrocorax aristotelis desmarestii).
- Dobri dupin (Tursiops truncatus) jedina je ciljna vrsta na području parka.

Međunarodna suradnja i projekti

Javna ustanova Nacionalni park Kornati aktivno sudjeluje u nacionalnim i međunarodnim projektima usmjerenim na zaštitu prirode. JU NP Kornati su aktivni član Hrvatske mreže morskih zaštićenih područja i sudjeluju u projektima koji promiču zaštitu morskih ekosustava.

Nakon okvirno dva desetljeća nastojanja oko uspostave legalnog sustava sidrišta, JU NP Kornati 2018. godine je uspjela dobiti koncesiju za sidrišta, a u sljedećih 7 godina kroz nekoliko projekata, i postaviti prvih 136 bova na 15 lokacija, te svojim posjetiteljima nudi uz kupljenu kartu besplatno i sigurno vezanje za navedene bove.